kashiの日記

• 区間演算を行うinterval.hppにfloorとceilを追加。
• 区間演算と領域の再帰的分割による最適化を行うoptimize.hppが場合によって正しく終了しなかったバグの修正。
• 高階微分を計算するhighderiv.hppが定数関数を渡されたとき動作しなかったバグの修正。
• 昨年11月のNVR2020の発表で作成した、複合Newton-Cotes公式を用いた数値積分のための関数群を追加。

BLASとは

Ubuntu 20.04で使えるBLAS

• Reference BLAS

sudo apt install libblas-dev

• ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software)

sudo apt install libatlas-base-dev

• BLIS

sudo apt install libblis-dev

• OpenBLAS

sudo apt install libopenblas-base
sudo apt install libopenblas-dev

• Intel Math Kernel Library (MKL)

sudo apt install intel-mkl

sudo update-alternatives --config libblas.so-x86_64-linux-gnu

There are 5 choices for the alternative libblas.so-x86_64-linux-gnu (providing /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so).

  Selection    Path                                                   Priority   Status
------------------------------------------------------------
  0            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so   100       auto mode
  1            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/libblas.so              35        manual mode
* 2            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so               10        manual mode
  3            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blis-openmp/libblas.so        80        manual mode
  4            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmkl_rt.so                  1         manual mode
  5            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so   100       manual mode

Press <enter> to keep the current choice[*], or type selection number:

sudo update-alternatives --config libblas.so.3-x86_64-linux-gnu

There are 5 choices for the alternative libblas.so.3-x86_64-linux-gnu (providing /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3).

  Selection    Path                                                     Priority   Status
------------------------------------------------------------
  0            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3   100       auto mode
  1            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/libblas.so.3              35        manual mode
* 2            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3               10        manual mode
  3            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blis-openmp/libblas.so.3        80        manual mode
  4            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmkl_rt.so                    1         manual mode
  5            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3   100       manual mode

Press <enter> to keep the current choice[*], or type selection number:

ベンチマーク

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>

// prototype declaration
void dgemm_(char *transA, char *transB, int *m, int *n, int *k, double *alpha, double *A, int *ldA, double *B, int *ldB, double *beta, double *C, int *ldC);

int main(int argc, char **argv)
{
	int i, j;
	int m, n, k;
	int size;
	double *a, *b, *c;
	double alpha, beta;
	int lda, ldb, ldc;
	struct timespec ts1, ts2;

	size = atoi(argv[1]);

	m = size;
	n = size;
	k = size;

	a = (double *)malloc(sizeof(double) * m * k); // m x k matrix
	b = (double *)malloc(sizeof(double) * k * n); // k x n matrix
	c = (double *)malloc(sizeof(double) * m * n); // m x n matrix

	for (i=0; i<m; i++) {
		for (j=0; j<k; j++) {
			a[i + m * j] = rand() / (1.0 + RAND_MAX);
		}
	}

	for (i=0; i<k; i++) {
		for (j=0; j<n; j++) {
			b[i + k * j] = rand() / (1.0 + RAND_MAX);
		}
	}

	for (i=0; i<m; i++) {
		for (j=0; j<n; j++) {
			c[i + m * j] = 0;
		}
	}

	alpha = 1.;
	beta = 0.;
	lda = m; 
	ldb = k; 
	ldc = m; 

	// dgemm_(TransA, TransB, M, N, K, alpha, A, LDA, B, LDB, beta, C, LDC)
	// C = alpha * A * B + beta * C
	// A=M*K, B=K*N, N=M*N
	// Trans: "N"/"T"/"C"
	// LDA = number of row of A

	clock_gettime(CLOCK_REALTIME, &ts1);
	dgemm_("N", "N", &m, &n, &k, &alpha, a, &lda, b, &ldb, &beta, c, &ldc);
	clock_gettime(CLOCK_REALTIME, &ts2);

	printf("%g\n", (ts2.tv_sec - ts1.tv_sec) + (ts2.tv_nsec - ts1.tv_nsec) / 1e9);

	free(a);
	free(b);
	free(c);

	return 0;
}

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>

double **alloc_matrix(int n, int m)
{
	double **a;
	int i;

	a = (double **)malloc(sizeof(double *) * n);
	a[0] = (double *)malloc(sizeof(double) * n * m);
	for (i=1; i<n; i++) {
		a[i] = a[0] + i * m;
	}

	return a;
}

void free_matrix(double **a)
{
	free(a[0]);
	free(a);
}

// a: n x m, b: m x s, c: n x s
void m_m_mul(double **a, double **b, double **c, int n, int m, int s)
{
	int i, j, k;
	int i1, j1, k1;

	for (i=0; i<n; i++) {
		for (j=0; j<s; j++) {
			c[i][j] = 0.0;
		}
	}

	for (i=0; i<n; i++) {
		for (j=0; j<s; j++) {
			for (k=0; k<m; k++) {
				c[i][j] += a[i][k] * b[k][j];
			}
		}
	}
}

int main(int argc, char **argv)
{
	int i, j, n;
	double **a;
	double **b;
	double **c;

	struct timespec ts1, ts2;

	n = atoi(argv[1]);

	a = alloc_matrix(n,n);
	b = alloc_matrix(n,n);
	c = alloc_matrix(n,n);

	for (i=0; i<n; i++) {
		for (j=0; j<n; j++) {
			a[i][j] = rand()/(1.0 + RAND_MAX);
			b[i][j] = rand()/(1.0 + RAND_MAX);
		}
	}

	clock_gettime(CLOCK_REALTIME, &ts1);
	m_m_mul(a, b, c, n, n, n);
	clock_gettime(CLOCK_REALTIME, &ts2);

	printf("%g\n", (ts2.tv_sec - ts1.tv_sec) + (ts2.tv_nsec - ts1.tv_nsec) / 1e9);

	free_matrix(a);
	free_matrix(b);
	free_matrix(c);

	return 0;
}

cc -O3 dgemm.c -lblas
cc -O3 forloop.c

OMP_NUM_THREADS=8 ./a.out

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sudo apt install openssh-server

sudo apt install git
sudo apt install curl

sudo apt install unar

sudo apt install lv
sudo apt install checkinstall

LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update

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sudo apt install docker.io

sudo usermod -aG docker kashi